توالی یابی آی تی اس | ITS Sequencing

توالی یابی آی تی اس | ITS Sequencing

منطقه فاصله‌گذار رونویسی شده داخلی (ITS) DNA فضایی است که بین ژن‌های RNA ریبوزومی زیرواحد کوچک (rRNA)  و ژن‌های rRNA زیرواحد بزرگ در کروموزوم یا ناحیه رونویسی شده مربوطه در رونوشت پیش‌نویس rRNA پلی سیسترونیک قرار دارد. در باکتری‌ها و آرکی‌ها، یک ITS واحد وجود دارد که بین ژن های 16S rRNA و 23S قرار گرفته است. برعکس، دو ITS در یوکاریوت ها وجود دارد: ITS1 بین ژن های 18S و 5.8S rRNA قرار دارد، در حالی که ITS2 بین 5.8S و 28S (در اپیستوکونت ها یا 25S در گیاهان) ژن‌های rRNA است. ITS1 مربوط به ITS در باکتری‌ها و باستانی‌ها است، در حالی که ITS2 به عنوان یک درج که ژن 23S rRNA اجدادی را قطع می کند منشأ می گیرد.

توالی‌یابی منطقه فاصله‌گذار رونویسی شده داخلی (ITS) RNA ریبوزومی از روش های متداول توالی یابی آمپلیکونی است که برای شناسایی و مقایسه باکتری ها یا قارچ های موجود در یک نمونه معین استفاده می شود. توالی‌یابی ژن ITS مبتنی بر توالی‌یابی نسل بعد NGS از روش‌های به خوبی تثبیت شده برای مقایسه فیلوژنی و طبقه‌بندی نمونه‌ها از میکروبیوم‌های پیچیده یا محیط‌هایی هستند که مطالعه آنها دشوار یا غیرممکن است.

توالی یابی آی تی اس | ITS Sequencing

مزایای تجزیه و تحلیل توالی یابی آی تی اس | ITS Sequencing مبتنی بر NGS

یکی از مزایای کلیدی روش‌های NGS  برای توالی یابی ITS این است که روشی مقرون‌به‌صرفه برای شناسایی سویه‌هایی که ممکن است با استفاده از روش‌های سنتی یافت نمی‌شوند، ارائه می‌کنند. بر خلاف توالی یابی مویرگی یا روش های مبتنی بر PCR، توالی یابی نسل بعدی روشی بدون کشت است که امکان تجزیه و تحلیل کل جامعه میکروبی را در یک نمونه فراهم می کند.

تجزیه و تحلیل ITS با NGS امکان شناسایی سریع قارچ را برای کمک به پیشرفت درک ما از مایکوبیوم فراهم می کند. علاوه بر این، NGS توانایی ترکیب چند نمونه را در یک اجرای توالی ارائه می دهد.

طول متوسط توالی ITS در قلمرو قارچی 550 جفت باز است، اما به طور قابل توجهی در بین دودمان ها متفاوت است.

توالی یابی آی تی اس | ITS Sequencing

تفاوت بین 18S rRNA و توالی یابی آی تی اس | ITS Sequencing در تجزیه و تحلیل متاژنومیک

ITS (منطقه فاصله‌گذار رونویسی شده داخلی) بین ژن‌های 18S و  rRNA5.8  قرار دارد و دارای درجه بالایی از تنوع توالی است. مشابه 18S rRNA ، ITS اغلب در تجزیه و تحلیل متاژنومی استفاده می‌شود. با این حال، 18S rRNA عمدتا برای مطالعات طبقه بندی با وضوح بالا قارچ‌ها استفاده می‌شود، در حالی که منطقه ITS عمدتا برای مطالعات تنوع قارچی به عنوان نشانگر بارکد قارچی استفاده می شود. در مقایسه با 18S، ITS متغیرتر است و در نتیجه به عنوان نشانگر ژنتیکی برای اندازه گیری تنوع ژنتیکی درون گونه ای مناسب تر است.

توالی یابی آی تی اس | ITS Sequencing