آنزیم های پلی مراز

 

آنزیم چیست ؟

آنزیم ماده ای است که به عنوان یک کاتالیزور در موجودات زنده عمل می کند و سرعت انجام واکنش های شیمیایی را تنظیم می کند بدون اینکه خودش در این فرآیند تغییر کند.

 

 

 

فرآیندهای بیولوژیکی که در همه موجودات زنده رخ می‌دهند، واکنش‌های شیمیایی هستند و بیشتر توسط آنزیم‌ها تنظیم می‌شوند. بدون آنزیم ها، بسیاری از این واکنش ها با سرعت خیلی پایینی انجام می شوند. آنزیم ها تمام واکنش های متابولیسم سلولی را کاتالیز می کنند که حتی شامل هضم غذا می شود که در آن مولکول های بزرگ مواد مغذی (مانند پروتئین ها، کربوهیدرات ها و چربی ها) به مولکول های کوچکتر تجزیه می شوند.

حفظ و تبدیل انرژی شیمیایی و ساخت ماکرومولکول های سلولی از پیش سازهای کوچکتر نیز از فرایندهایی هستند که توسط آنزیم ها انجام می شوند بسیاری از بیماری‌های ارثی انسان، مانند آلبینیسم و فنیل کتونوری، ناشی از کمبود یک آنزیم خاص هستند که در آن ها یک متابولیسم خاص ساخته نمی شود یا یک واکنش خاص انجام نمی پذیرد.

برای مشاهده خدمات ژنوم و شیوه های توالی یابی بر روی لینک کنید.

 

• توالی یابی سنگر | Sanger Sequencing
• متاژنوم | Metagenome
• توالی یابی ان جی اس متیلاسیون | NGS Methylation Sequencing
• توالی یابی ان جی اس آر ان ای | NGS RNA Sequencing
• تعیین توالی ایمونوپرسیپیتیشن کروماتین | (Chromatin Immunoprecipitation Sequencing (ChIP
• توالی یابی کامل اگزوم | NGS Whole Exome Sequencing
• توالی یابی کامل ژنوم | NGS Whole Genome Sequencing

 

بافر آنزیم چیست ؟

 

 

آنزیم ها برای انجام واکنش مورد نظر خودشان به یکسری مواد معدنی و کو آنزیم و کوفاکتور نیاز دارند این موارد برای انجام فرایند نیاز هستند و بدون این عوامل آنزیم ها از فعالیت باز می مانند بافر انزیم همراه با آنزیم ارائه می شوند در این محلول ها انواعی از یون ها و نگهدارنده های آنزیم و دیگر ترکیبات استفاده می شوند.

بافرها عملکردهای متنوعی را در حفظ، محدود کردن یا اصلاح آنزیم ها و عملکرد آنها انجام می دهند. این محصولات به شکل بافرهای ذخیره و نگهداری آنزیم، بافرهای مورد نیاز جهت هضم پروتئاز، بافرهای مورد نیاز آنزیم های محدود کننده، بافرهای مورد نیاز پروتئین کینازها هستند.

بافرهای آنزیمی از نظر ساختاری بر شرایطی که در آن آنزیم‌ها عمل می‌کنند تأثیر می‌گذارند تا نتایج متفاوتی را به‌دست آورند که برای استفاده در طیف وسیعی از شرایط واکنش مناسب هستند.

در بیشتر موارد بسیاری از محققان عزیز بافرهای آنزیم ها و بافر های مورد استفاده در واکنش ها را از دست میدهند یا به دلیل استفاده مکرر این بافرها را آلوده میکنند جهت خرید بافر های متنوع و حتی بافرهای محصولات وارداتی با کارشناسان شرکت کیاژن همراه باشید تا شما را برای استفاده حداکثری مواد و تجهیزات مورد استفاده راهنمایی کنند و بدین صورت از مخارج اضافه جلوگیری کنید.

در ادامه مطالب لینک بافرهای مولکولی و سلولی در جهت دسترسی سریع شما درج شده اند.

https://kiagene.ir/store/product-category/%d9%85%d8%ad%db%8c%d8%b7-%da%a9%d8%b4%d8%aa/

 

تفاوت کوآنزیم و کوفاکتور چیست ؟

 

 

مشخصات	کوفاکتور	کوآنزیم
نام های دیگر	مولکول های کمکی یا مورد نیاز	کو سوبسترا یا بستر ثانویه
تعریف	کوفاکتورها به مولکول‌های کمکی غیر پروتئینی مورد نیاز برای فعالیت آنزیم‌ها هستند شامل یون‌های فلزی ساده یا گروه‌های آلی پیچیده باشند	کوآنزیم ها به سوبستراهای غیرفعال آلی غیر پروتئینی (بدون بخش پروتئین یا آپوآنزیم) اطلاق می شود که مستقیماً در کاتالیز آنزیم شرکت می کنند.
طبیعت شیمیایی	کوفاکتورها می توانند مولکول های آلی و غیر آلی باشند	کوآنزیم ها مولکول های آلی هستند
نحوه اتصال با آنزیم	می تواند به صورت کووالانسی یا غیرکووالانسی با یک آپوآنزیم همراه شود	به طور سست یا غیرکووالانسی به یک آپوآنزیم متصل می شود
مدل جداشدن	جداسازی کوفاکتورها می تواند آسان یا دشوار باشد (فقط پس از دناتوره شدن آنزیم جدا می شود)	کوآنزیم ها به طور موقت به یک آپوآنزیم متصل می شوند و به راحتی قابل جدا شدن هستند
قابلیت جداسازی به صورت دیالیز	تعداد کمی از کوفاکتورها قابل دیالیز هستند، در حالی که بقیه غیر قابل دیالیز هستند	قابل دیالیز است
رده بندی	بر اساس فعالیت آنزیمی به دو نوع کوفاکتورهای معدنی و آلی طبقه بندی می شود.	این یک زیرگروه کوفاکتور است که در دسته کوفاکتورهای آلی قرار می گیرد
عملکرد	به عنوان مولکول کمکی عمل می کند که واکنش آنزیمی را تثبیت می کند	به عنوان بستر عمل می کند که به جابجایی اتم ها یا گروه ها کمک می کند
بخش جدایی ناپذیر	کوفاکتور یک اصطلاح جمعی است که نشان دهنده یون های فلزی فعال کننده، کوآنزیم ها، گروه های مصنوعی لازم برای عملکرد آنزیم غیرفعال است.	بخش جدایی ناپذیر کوآنزیم ها ویتامین ها هستند

 

مسترها حاوی تمامی مواد مورد نیاز جهت فعالیت انزیم ها هستند و نیازی به مخلوط کردن چندین کو آنزیم و کو فاکتور ندارند و به راحتی با اضافه کردن DNA الگو و پرایمرها میتوانند فعالیت خود را در دستگاه ترمال سایکلر به نحو احسن انجام دهند جهت خرید مسترهای آماده مصرف کیاژن فناور بر روی لینک های زیر کلیک کنید.

• خرید One Step Real time PCR Master Mix یا استعلام قیمت One Step Real time PCR Master Mix
• خرید  2x Taq Master Mix مسترمیکس تگ یا استعلام قیمت 2x Taq Master Mix مسترمیکس تگ
• خرید مسترمیکس پی اف یو  2X Pfu Master Mix یا استعلام قیمت مسترمیکس پی اف یو 2X Pfu Master Mix
• خرید مسترمیکس سایبر گرین ریل تایم 2X SYBR Green Master Mix یا استعلام قیمت مسترمیکس سایبر گرین ریل تایم 2X SYBR Green Master Mix
• خرید مسترمیکس پروب 2X Probe Taq Master Mix  یا استعلام قیمت مستر میکس پروب 2X Probe Taq Master Mix

 

پلیمراز چیست انواع پلیمراز ها کدام ها هستند و چه کاربردی دارند؟

 

 

 

DNA پلی مرازها گروهی از آنزیم های مورد نیاز برای سنتز DNA هستند. آرتور کورنبرگ برای اولین بار DNA پلی مراز را از E.coli خالص و مشخص کرد. DNA پلیمراز یک پلی پپتید تک زنجیره ای است که اکنون با نام DNA پلیمراز-I شناخته می شود. اکنون دانشمندان پنج DNA پلیمراز را در E.coli یافته اند.

پلی مرازها گروهی از آنزیم‌ها هستند که سنتز(ساخت) DNA را در طول همانندسازی کاتالیز می‌کنند. وظیفه اصلی DNA پلی مرازها، تکثیر محتوای DNA یک سلول در طول تقسیم سلولی است. آنها این کار را با افزودن نوکلئوتیدها در گروه 3’-OH رشته DNA در حال رشد انجام می دهند.

همانند سازی وظیفه اصلی DNA پلی مراز سنتز DNA از طریق فرآیند همانندسازی است. نگهداری و انتقال اطلاعات ژنتیکی از نسلی به نسل دیگر فرآیند مهمی است DNA پلیمراز به صورت جفت کار می کند و دو رشته DNA را پشت سر هم تکثیر می کند. آنها دئوکسی ریبونوکلئوتیدها را به گروه  3′-OH رشته DNA در حال رشد اضافه می کنند. رشته DNA با فعالیت پلیمریزاسیون خود در جهت ‘3→’5 رشد می کند. آدنین با تیمین و گوانین با سیتوزین جفت می شود DNA پلی مرازها نمی توانند فرآیند همانندسازی را آغاز کنند و برای افزودن نوکلئوتیدها به پرایمر نیاز دارند.

DNA پلیمراز III آنزیم اصلی مسئول همانندسازی در پروکاریوت ها است. در یوکاریوت ها،  DNA پلی مراز ? آنزیم اصلی برای همانند سازی است DNA پلیمراز I با فعالیت اگزونوکلئاز’3→’5 پرایمر RNA را حذف می کند و با فعالیت پلیمراز خود در رشته غیرالگو، پرایمر را جایگزین می کند و رشته ای مکمل رشته پیشرو یا رهبرمی سازد.

جهت سنتز ژن و پرایمر های مد نظر و مورد استفاده به صفحه خدمات شرکت کیاژن فناور مراجعه کنید.

 

 کپی کردن DNA چه زمانی اتفاق می افتد؟

 

تصحیح  فرآیند تکثیر یک پروسه سنگین است و از طرفی یکپارچگی ژنوم بسیار مهم است. جدا از خطاهای همانندسازی، ترمیم DNA فرآیندی مداوم برای اصلاح هر گونه خطا در ژنوم به دلیل آسیب DNA است. مکانیسم های مختلفی وجود دارد که توسط آن DNA ترمیم می شود. تصحیح همانندسازی DNA کامل نیست و پس از هر 10⁴ تا 10⁵ نوکلئوتید اضافه شده، خطایی رخ می دهد. حذف توالی نوکلئوتیدی نادرست یا نوکلئوتیدهای نامتناسب از رشته جدید سنتز شده برای عملکرد پروتئین ها بسیار مهم است که حتی می تواند منجر به تولید پروتئین های سرطانی شود.

DNA پلی مرازها جفت بازهای اشتباه را با فعالیت اگزونوکلئاز ‘5→’3حذف می کنند. این عمل به عنوان تصحیح خطا (Proofreading) شناخته می شود DNA پلی مرازها همچنین در فرآیندهای ترمیم DNA پس از تکثیر نیز دخیل هستند.

بیایید با جزئیات بیشتر، انواع مختلف DNA پلی مرازها و عملکرد آنها را بررسی کنیم.

جهت خرید بهترین پلیمرازهای مصرفی در صنعت زیست فناوری، ژنتیک و سلولی مولکولی بر روی لینک های زیر کلیک کنید.

قیمت  Taq DNA Polymerase Enzyme کیت تگ دی ان ای پلیمراز

قیمت  Pfu DNA polymerase Enzyme کیت پی اف یو دی ان ای پلیمراز

قیمت Hot Start Taq DNA Polymerase Enzyme  کیت تگ پلیمرازهات استارت

قیمت Phusion DNA Polymerase Enzyme آنزیم پلیمراز فیوژن

قیمت KlenTaq DNA Polymerase Enzyme  آنزیم کلن تگ پلیمراز

 

انواع و عملکرد DNA پلیمراز پروکاریوتی

 

 

پنج DNA پلیمراز در E.coli شناسایی شده است. همه DNA پلیمرازها از نظر ساختار، عملکرد و سرعت پلیمریزاسیون متفاوت هستند.

DNA پلیمراز I توسط ژن polA کدگذاری می شود. این یک پلی پپتید منفرد است و در نوترکیب و ترمیم نقش دارد این آنزیم دارای فعالیت اگزونوکلئاز ‘5→’3 و ‘3→’5 است. DNAپلیمراز  پرایمر RNA را با فعالیت اگزونوکلئاز ‘5→’3 از رشته پیرو حذف می کند و همچنین شکاف ایجاد شده را باتوجه به رشته پیشرو پر می کند.

DNAپلی مراز II توسط ژن polB کد می شود واز 7 زیر واحد تشکیل شده است. نقش اصلی آن کمک به ترمیم و همچنین پشتیبانی از DNA پلی مراز III است این آنزیم دارای فعالیت اگزونوکلئاز ‘5→’3 است.

DNAپلیمراز III آنزیم اصلی تکثیر درباکتری اشریشیاکلی است که توسط ژن polC  کد می شود. نرخ پلیمریزاسیون در DNA پلیمراز III حداکثر است. همچنین دارای فعالیت اگزونوکلئاز ‘5→’3 تصحیح کننده است.

DNAپلیمراز IV توسط ژن dinB کد می شود. نقش اصلی آن در ترمیم DNA در طی پاسخ SOS است در زمانی که همانندسازی DNAدر چنگال همانندسازی متوقف می شود.

DNA پلیمراز V همچنین در طول پاسخ SOS و تعمیر DNA نقش دارد.

 

انواع و عملکرد DNA پلیمراز یوکاریوتی

 

 

 

همانند سلول های پروکاریوتی، سلول های یوکاریوتی نیز دارای DNA پلیمرازهای زیادی هستند که عملکردهای مختلفی را انجام می دهند، به عنوان مثال. همانندسازی DNA میتوکندریایی، همانندسازی DNA هسته ای و غیره.

همانندسازی DNA هسته ای عمدتاً توسط DNA پلیمراز ? و ? انجام می شود.

حداقل 15 DNA پلیمراز در انسان شناسایی شده است DNA پلیمراز ? آنزیم اصلی برای همانند سازی در یوکاریوت ها است. همچنین دارای فعالیت اگزونوکلئاز ‘5→’3برای تصحیح خطا (Proofreading) است.

وظیفه اصلی DNA پلیمراز DNA پلیمراز ? سنتز پرایمرها است

عملکرد اصلی DNA پلیمراز ?  ترمیم DNA است.

DNA پلیمراز ?  آنزیم تکثیر کننده اصلی DNA میتوکندری است.

 

کدام DNA پلی مراز در همانندسازی DNA استفاده می شود؟

 

DNA پلی مراز III در فرآیند همانندسازی در سلول های پروکاریوتی استفاده می شود و DNA پلیمراز ? آنزیم اصلی برای همانندسازی در سلول های یوکاریوتی است.

 

تفاوت بین DNA پلیمراز و RNA پلیمراز چیست؟

 

DNA پلی مراز DNA را در طول همانندسازی و RNA پلیمراز در طول رونویسی RNA را سنتز می کند.

 

انواع DNA پلیمراز در محصولات مولکولی:

 

 

1.آنزیم Taq DNA Polymerase

 

 

.

aquaticus یک باکتری است که در چشمه‌های آب گرم و دریچه‌های گرمابی زندگی می‌کند و Taq polymerase به عنوان آنزیمی شناخته شد که می‌تواند در برابر شرایط دناتوره‌کننده پروتئین (دمای بالا) مورد نیاز در طی PCR مقاومت کند. بنابراین، آن را جایگزین DNA پلیمراز حاصل از E. coli که در ابتدا در PCR استفاده می شد کرده اند. آنزیم Taq DNA Polymerase در هر بار تکثیر یک باز A را به صورت اضافه در انتهای الیگومر یا قطعه سنتز شده اضافه می کند و سرعت بالایی در تکثیر DNA دارد.

Taq DNA پلیمراز در خانواده ای از DNA پلیمرازها به نام خانواده A گنجانده شده است در PCR از DNA پلی مرازهای خانواده A و خانواده B استفاده می شود.

خانواده DNA پلی مرازها شامل Tth و Tma DNA پلی مراز در کنار Taq DNA Polymerase هستند و دارای فعالیت اگزونوکلئاز ‘3→’5 هستند، اما به طور معمول فاقد عملکرد اگزونوکلئاز ‘5→’3 هستند. در غیاب فعالیت اگزونوکلئاز ‘5→’3  پلی مرازهای خانواده A در هنگام ترکیب جفت باز مستعد خطا هستند برعکس، DNA پلی مرازهای خانواده B دارای قدرت تصحیح بالایی هستند این خانواده شامل آنزیم Pfu DNA Polymerase ،Kod و Tli است. آنها دارای فعالیت اگزونوکلئاز ‘5→’3 ذاتی هستند اما فاقد فعالیت اگزونوکلئاز ‘3→’5 هستند. این امر حذف نوکلئوتیدهای نادرست در طی سنتز DNA را امکان پذیر می کند که دقت آنها را نسبت به پلی مرازهای خانواده A افزایش می دهد.

جهت خرید Taq DNA Polymerase یا استعلام قیمت Taq DNA Polymerase با کارشناسان شرکت کیاژن تماس بگیرید.

 

2.آنزیم Pfu DNA Polymerase

 

Pfu DNA polymerase آنزیمی است که در هایپرترموفیل آرکئون Pyrococcus furiosus یافت می شود، جایی که برای کپی کردن DNA ارگانیسم در طول تقسیم سلولی عمل می کند. در محیط آزمایشگاهی، Pfu برای تکثیر DNA در واکنش زنجیره‌ای پلیمراز (PCR) استفاده می‌شود، جایی که آنزیم وظیفه مرکزی کپی کردن رشته جدیدی از DNA را در طول هر مرحله گسترش دارد. این پلی مراز یک DNA پلی مراز خانواده B است.  و بخش مشابه ای در بدنه خود دارد که شبیه RNase H  است و فعالیت  اگزونوکلئاز 5→’3 را به این آنزیم اضافه میکند همچنین این بخش مشابه در پلی مرازهای خانواده B همانند بخشی در بدنه DNA پلیمراز II است.

Pfu موجود در بازار معمولاً منجر به نرخ خطای 1 در 1.3 میلیون جفت باز می شود و نرخ جهش زایی آن 2.6٪ در هر قطعه 1 کیلوبایتی است. با این حال، Pfu کندتر است و معمولاً به 1-2 دقیقه در هر چرخه برای تکثیر 1 کیلوبایت DNA در دمای 72 درجه سانتیگراد نیاز دارد. استفاده از Pfu DNA پلی مراز در واکنش‌های PCR نیز منجر به تولید محصولات PCR با انتهای بلانت می‌شود یعنی برخلاف آنزیم تگ پلیمراز، باز A یا هیچ باز دیگری را به انتهای محصول PCR اضافه نمی کند. . از این رو Pfu DNA پلیمراز برای تکنیک‌هایی که نیاز به سنتز DNA با صحت بالا دارند، برتر از Taq DNA پلیمراز است.

جهت خرید Pfu DNA Polymerase یا استعلام قیمت Pfu DNA Polymerase با کارشناسان شرکت کیاژن تماس بگیرید.

 

3.آنزیم Hot Start Taq DNA Polymerase

 

 

Hot Start Taq DNA Polymerase یک Taq DNA پلی مراز نوترکیب است که با افزودن گروه‌های مقاوم به حرارت (نوعی آنتی بادی) به باقی مانده‌های اسید آمینه آن از نظر شیمیایی اصلاح شده است. این آنزیم در دمای اتاق غیرفعال است و از گسترش پرایمرها یا پرایمر دایمرهای غیر اختصاصی چسبیده اجتناب می کند و اختصاصیت بالاتری برای تکثیر DNA ارائه می دهد. فعالیت عملکردی آنزیم باید در انکوباسیون در دمای 95 درجه سانتیگراد به مدت 10 دقیقه فعال شود آنزیم فعال شده عملکرد را  تا آخر واکنش حفظ می کند.

Taq DNA polymerase Hot Start دارای فعالیت DNA پلیمراز ‘3→’5 و فعالیت اگزونوکلئاز ‘3→’5 بدون فعالیت اگزونوکلئاز ‘5→’3 است.  سرعت تکثیری معادل 1 کیلوبایت در 30 ثانیه دارد. در انتهای ‘3 یک باز “A” اضافه می کند محصول PCR را می توان در وکتور TA کلون کرد. این آنزیم دقیقا خصوصیاتی مشابه آنزیم Taq DNA polymerase دارد.

جهت خرید Hot Start Taq DNA Polymerase یا استعلام قیمت Hot Start Taq DNA Polymerase با کارشناسان شرکت کیاژن تماس بگیرید.

 

4.آنزیم KlenTaq DNA Polymerase

 

 

آنزیم KlenTaq DNA Polymerase یک نسخه کوتاه شده از Taq DNA Polymerase است که فاقد 280 اسید آمینه اولیه است. این آنزیم پلیمریزاسیون نوکلئوتیدها را به DNA دوبلکس در جهت ‘3→’5  در حضور منیزیم کاتالیز می کند، اما فاقد فعالیت اگزونوکلئاز ‘3→’5   Taq DNA polymerase است. علاوه بر PCR معمول، آنزیم KlenTaq DNA Polymerase برای تعیین ژنوتیپ و گسترش پرایمر توصیه می شود. در مقایسه با Taq DNA Polymerase ، آنزیم KlenTaq DNA Polymerase صحت و پایداری حرارتی بالاتری را نشان می دهد این ترکیب منحصر به ‌فرد به بهبود صحت محصول PCR، بازده و روند فرآیند PCR کمک می‌کند.

آنزیم KlenTaq DNA Polymerase یک آنزیم بسیار قوی است و تحمل بالایی در غلظت های مختلف Mg2+ نشان می دهد. همچنین آنزیم KlenTaq DNA Polymerase در برابر حرارت بسیار مقاوم است و در مقایسه با Taq DNA پلی مراز چهار برابر صحت در تکثیر را نشان میدهد  آنزیم KlenTaq DNA Polymerase برای تکثیر DNA با طول 0.5 تا 5 کیلوبایت روی DNA ژنومی و تا 10 کیلوبایت در قالب های پیچیده تر ایده آل است.

جهت خرید Hot Start Taq DNA Polymerase یا استعلام قیمت Hot Start Taq DNA Polymerase با کارشناسان شرکت کیاژن تماس بگیرید.

 

5.آنزیم Phusion DNA Polymerase

 

آنزیم Phusion DNA Polymerase با داشتن نرخ خطا 50 برابر کمتر از Taq DNA Polymerase و 6 برابر کمتر از Pfu DNA Polymerase ، یک انتخاب عالی برای شبیه‌سازی وسایر کاربردهایی است که به صحت بالای تکثیر رشته DNA نیاز دارند Phusion DNA Polymerase دقیق ترین پلی مراز پایدار در برابر حرارت است. این ویژگی  Phusion DNA Polymerase را برای شبیه‌سازی و سایر کاربردهایی که به صحت تکثیر بسیار بالا نیاز دارند، انتخابی برتر می‌سازد. ساختار منحصر به فرد آنزیم، زمان پروتکل کوتاه، بازده فراوان و عملکرد قوی را حتی در حضور مهارکننده های PCR امکان پذیر می کند. علاوه بر این، Phusion DNA پلی مرازها نیز بازده بالاتری با مقادیر آنزیم کمتر نسبت به سایر DNA پلی مرازها تولید می کنند Phusion DNA Polymerase دارای فعالیت پلی مراز ‘3→’5، فعالیت اگزونوکلئاز ‘5→’3 است و محصولاتی با انتهای بلانت تولید می کند.

جهت خرید آنزیم  Phusion DNA Polymerase یا استعلام قیمت آنزیم Phusion DNA Polymerase با کارشناسان و مشاوران شرکت کیاژن تماس بگیرید.