توالی یابی آر ان ای کوتاه | Small RNA-Sequencing

توالی یابی آر ان ای کوتاه | Small RNA-Sequencing

توالی‌یابی RNA کوچک Small RNA-Seq نوعی توالی‌یابی RNA بر اساس استفاده از فناوری‌های NGS است که امکان جداسازی و کسب اطلاعات در مورد مولکول‌های RNA غیر کد کننده را به منظور ارزیابی و کشف اشکال جدید RNA کوچک و پیش‌بینی عملکردهای احتمالی آنها فراهم می‌کند. با استفاده از این تکنیک، می‌توان RNA های کوچک را از خانواده RNA بزرگتر برای درک بهتر عملکرد آنها در سلول و در بیان ژن متمایز کرد.RNA های کوچک غیر کد کننده در خاموش کردن ژن و تنظیم بیان ژن پس از رونویسی عمل می‌کنند. توالی یابی RNA کوچک برای جداسازی و توالی یابی گونه های کوچک RNA، مانند microRNA‌ها (miRNAs) است. RNA-Seq کوچک می تواند هزاران توالی RNA و miRNA کوچک را با حساسیت و محدوده دینامیکی بی سابقه جستجو و با توان عملیاتی و ویژگی بالا تجزیه و تحلیل کند. با RNA-Seq کوچک می‌توانید miRNA‌های جدید و دیگر RNA‌های غیرکدکننده کوچک را کشف کنید و بیان تفاضلی همه RNA‌های کوچک را در هر نمونه بررسی کنید. شما می توانید تغییراتی مانند isomiR ها را با وضوح تک پایه مشخص کنید، و همچنین هر RNA یا miRNA کوچک را بدون اطلاعات توالی قبلی یا ساختار ثانویه تجزیه و تحلیل کنید. بزرگترین مزیت استفاده از RNA-seq با امکان تولید کتابخانه هایی از قطعات RNA است که از کل محتوای RNA یک سلول شروع می شود.

مزایای توالی یابی آر ان ای کوتاه | Small RNA-Sequencing

کتابخانه های توالی یابی miRNA را مستقیماً از RNA کل ایجاد کرده تا نقش RNA غیر کدکننده را قابل فهم باشد.

• درک این امر که چگونه تنظیم پس از رونویسی به فنوتیپ کمک می کند.
• بیومارکرهای جدید برای سرطان، بیماری‌های دیگر
• نمایه ای از تمام RNA ها و miRNA های کوچک در رونوشت
• تجزیه و تحلیل تمام RNA های کوچک غیر کد کننده بدون اطلاعات توالی قبلی
• شناسایی RNA های کوچک جدید
• خصوصیات ایزوفرم های miRNA و اثرات آنها بر بیان ژن
• تجزیه و تحلیل بیان افتراقی خاص بافت RNA های کوچک

کاربردهای توالی یابی آر ان ای کوتاه | Small RNA-Sequencing

sRNA-seq از بسیاری از روش های تحقیقاتی پشتیبانی می کند، از جمله:

• نمایه سازی رونوشت های شناخته شده و جدید و بیان کمی RNA کوچک
• پیش‌بینی ژن‌های هدف‌گیری کاندیدهای miRNA
• شناسایی نشانگرهای زیستی خاص بافت، مرحله یا سلول برای تشخیص و طبقه بندی سرطان/بیماری
• کشف شبکه های نظارتی و درک مکانیسم های توسعه بافت یا ارگانیسم بر اساس پروفایل های رونوشت

روش کار – روش‌ها و فناوری‌ها برای توالی یابی آر ان ای کوتاه | Small RNA-Sequencing

بر خلاف توالی یابی mRNA و توالی یابی کل RNA، توالی یابی RNA کوچک تنها RNA ها و miRNA هایی را با طول نوکلئوتید کوتاه تر را ارائه می کند. اهداف RNA کوچک از طریق انتخاب اندازه با استفاده از ژل های حذف اندازه یا کیت های تجاری توسعه یافته صورت می‌گیرد. هنگامی که RNA کوچک جدا شد، پیوندهایی به انتهای آن اضافه می شود و RNA خالص می شود. این RNA به طور معکوس به cDNA رونویسی می شود که سپس طبق روش استاندارد RNA-Seq تیمار می شود.